中医学认为，便秘是人体阴阳气血津液、脏腑功能、饮食情志失调、六淫侵袭的一种临床表现，其病因病理可按“实秘、虚秘”二方面归纳如下。
实秘
肠胃积热，素体阳盛，或大肠积热，或过食辛辣厚味，致肠胃积热，耗伤津液，粪质干燥，排出困难。气机郁滞，肝郁气滞或气机不利，导致腑气郁滞，通降失常，糟粕内停。阴寒积滞，进食生冷，或外感寒邪，或过服寒凉药物，损伤肠胃，致传导失常，大便不行。
虚秘
气虚阳衰，饥饱失常，劳倦内伤，体质虚弱，均可致大肠传导无力，或便下无力。阴亏血少，素体阴虚，津亏血少，或失血夺汗，或过食辛燥之品，及久服泻剂等，致大肠不荣，肠道失润，形成便秘。
现代医学认为，造成便秘的原因有：进食纤维素太少，饮水不足，活动量小，内分泌与代谢性疾病，精神因素与精神性疾病，部分药物的致便秘作用等。
正常排便需要含有一定量膳食纤维的胃肠内容物以正常速度通过消化道各段，及时抵达直肠肛管，诱发排便反射。排便时盆底肌群协调活动，完成排便。以上任何一个环节障碍，均可引起便秘。精神或心理障碍也是导致便秘甚至是难治性便秘的原因之一，临床上往往与结直肠和盆底器质性病变及功能性障碍同时存在。目前将便秘分为慢传输型便秘、出口梗阻型便秘和混合型便秘。
慢传输型便秘临床多见于长期服用刺激性通便药物、长期卧床、心理异常等患者，主要表现为排便次数减少。
结肠传输试验是最常用的检查方法之一，根据一定时间段内标志物在结肠内的分布情况，判断结肠传输功能障碍，以及观察传输障碍的结肠形状、部位及范围，一般二次以上检查均异常，可以确诊。近年来随着神经胃肠动力学的发展，国内外多项研究认为，慢传输型便秘与肠道肌间神经丛中兴奋性神经递质缺陷改变密切相关。
出口梗阻型便秘更为常见，其实质是盆底结构的异常，导致粪便排出障碍，临床表现多样。直肠指诊发现直肠内有粪便存留，括约肌反常收缩。排粪造影往往可以确诊。近年来盆底动态磁共振成像的应用，可以准确评价盆腔器官脱垂和盆底形态，通过观察盆底肌肉及邻近结构的形态变化，更完整的展示盆底解剖，对肛管直肠和盆底疾病作出完整系统的评价。
肠易激综合征的便秘型是一类和腹痛或腹胀有关的便秘，可能有以上各类型的特点。
